大分県唯一の総合周産期母子医療センターであり、NICU 12床、後方病床 24床を有しています。
超早産児に対する治療だけではなく、重症新生児仮死や先天性疾患に対する治療も幅広く行っており、消化管疾患や水頭症、動脈管開存症などに対する外科的治療も可能な施設です。
院外出生の病的新生児に対しては、新生児専用救急車カンガルー号による新生児搬送を24時間体制で行っており、大分県全域から年間420人前後の新生児入院を受け入れています。
新生児蘇生法講習会も年10回程度開催しており、研修にも力をいれています。

小児科専門医、小児科専攻医の約20名で、小児科領域全般を担当しています。大分市の中心部に位置することから小児科クリニックや周辺地域の中核病院から多くの紹介患者さんを紹介いただいています。24時間365日、救急車は断ることなく受け入れています。
このような診療スタイルから、肺炎、胃腸炎、気管支喘息などの2次診療から、先天性心疾患、血漿交換療法を要する川崎病、平温療法を含む体温管理を要する急性脳炎・脳症、腎不全の透析療法、心肺停止蘇生後の全身管理、外傷を含む3次診療まで幅広く小児科医が他科・他職種と連携を取り合いながら担当しています。
県立病院でもあるので災害時の県内ネットワークの構築や、児童相談所からの被虐待児例の対応、県内最大の新生児科とも共同で大分県下の医療的ケア児サポートの中核的な役割も果たしています。小児診療のみならず行政・福祉・教育機関とも密接に関り、包括的な小児科診療を展開しています。

小児科一般、小児循環器、小児神経疾患を中心に診療を行っています。大分市医師会運営による小児夜間急患センターに隣接し、小児救急疾患に対する診療も行っています。

主として慢性疾患、特に重症心身障害児・者（重症児・者）や神経難病を有する患者さんの診療・医療的ケア（医ケア）、生活支援を行なっており、セイフティネット系の病院と表現されます。
大分県内外の施設から依頼のある入院・外来患者さんの診療に加え、医ケアを要する患児に対する療育など社会的なサポートや短期入院を含む家族支援、また小児内分泌・代謝性疾患、小児血液腫瘍性疾患など慢性疾患の長期フォローアップ、神経発達症の診療なども行なっています。

小児科、小児外科、皮膚科を標榜する大分市の小児専門病院です。24時間365日体制で小児一次、二次診療を担っています。
年間2000人以上の入院があります。

別府市にて小児一次、二次診療を担っています。一般診療に加え、てんかんなどの小児神経疾患、アレルギー疾患、腎疾患に対する専門外来も行っています。アレルギー外来ではアトピー性皮膚炎に対する生物学的製剤の導入や食物経口負荷試験なども行っています。年間300人あまりの入院数があります。

大分県北部と福岡県東部の一部を含む24万人医療圏の中核病院として、二次救急医療を提供する地域の急性期病院として、主に入院医療を担っています。小児救急センターを併設し、中津市医師会、大分県小児科医会、他大学、近隣病院の協力をもとに、救急診療も行っています。また、大分県指定の施設として新生児医療も行っています。

大分県南部医療圏の中隔病院です。二次救急医療を提供する地域の急性期病院として、小児の入院医療を担いつつ、一部専門医療を行いながら、一般診療、予防接種、乳児検診などを含むプライマリ医療を中心に、包括的な質の高い小児医療を提供することを目指しています。

小児科は豊肥地区唯一の入院施設であり、一次および二次救急医療を担っています。平日17時以降の夜間診療ならびに毎週日曜午前中の診察も行っており、地域医療へ貢献しています。
また、2名の小児アレルギーエデュケーター（栄養士1名、看護師1名）が在籍しており、アレルギー診療にも力を入れています。2か月に1度、外部講師を招聘し、食物アレルギーのお子さん達への栄養指導なども行っています。

その他にも、
別府医療センター
別府発達医療センター
国東市民病院
杵築市立山香病院
など多数の地域中核病院への派遣を行っています。